5월 9일 ‘토지거래허가 신청분’까지 다주택자 양도세 중과 배제, 핵심 정리

목차

1. 이번 보완방안의 핵심
2. 왜 5월 9일이 중요한가
3. 적용 대상과 조건
4. 지역별 양도 완료 기한
5. 세입자 있는 주택을 매도할 때 실거주 의무 유예
6. 다주택자가 꼭 확인해야 할 체크리스트
7. 마무리

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1. 이번 보완방안의 핵심

정부는 2026년 5월 9일 종료되는 다주택자 양도소득세 중과 유예 혜택과 관련해 보완방안을 마련했습니다. 기존에는 5월 9일까지 매매계약을 체결한 경우를 중심으로 중과 배제 여부를 판단했지만, 토지거래허가구역에서는 허가 심사에 시간이 걸리는 문제가 있었습니다.

이에 따라 정부는 2026년 5월 9일까지 시·군·구청에 토지거래허가를 신청한 경우에도 일정 요건을 충족하면 다주택자 양도세 중과를 적용하지 않도록 했습니다.

즉, 핵심은 이것입니다.

5월 9일까지 토지거래허가를 ‘신청’하면, 허가가 5월 9일 이후에 나와도 일정 기간 안에 계약과 양도를 마치면 양도세 중과 배제 가능성이 있습니다.

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2. 왜 5월 9일이 중요한가

다주택자 양도세 중과 유예는 2026년 5월 9일 종료됩니다. 5월 10일부터는 원칙적으로 조정대상지역 내 주택을 보유한 다주택자가 해당 주택을 양도할 때 중과세율이 다시 적용될 수 있습니다.

현재 양도소득세 기본세율은 6~45%인데, 중과가 적용되면 조정대상지역 2주택자는 기본세율에 20%포인트, 3주택 이상 보유자는 30%포인트가 가산될 수 있습니다. 지방소득세까지 고려하면 세 부담이 크게 늘어날 수 있습니다.

다만 토지거래허가구역은 매수자와 매도자가 합의했다고 바로 거래가 끝나는 구조가 아닙니다. 관할 시·군·구청의 허가 절차가 필요하고, 정부는 허가 심사에 통상 15영업일 정도가 걸릴 수 있다는 점을 고려해 이번 보완방안을 마련했습니다.

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3. 적용 대상과 조건

이번 보완방안은 모든 주택 거래에 자동으로 적용되는 것이 아닙니다. 기본적으로 다음 조건을 봐야 합니다.

첫째, 다주택자가 보유한 조정대상지역 소재 주택이어야 합니다.
둘째, 해당 주택을 양도하기 위해 토지거래허가 절차가 필요한 경우여야 합니다.
셋째, 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청해야 합니다.
넷째, 허가를 받은 뒤 매매계약을 체결하고, 정해진 기한 안에 잔금·등기 등 양도 절차를 마쳐야 합니다.

소득세법 시행령 개정 내용에 따르면, 기존에는 2026년 5월 9일까지 매매계약 체결을 완료한 경우가 중심이었지만, 토지거래허가 절차가 필요한 경우에는 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청한 경우로 대상을 확대했습니다.

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4. 지역별 양도 완료 기한

가장 중요한 부분은 토지거래허가 신청만으로 끝나는 것이 아니라, 이후 양도 완료 기한을 지켜야 한다는 점입니다.

기존 조정대상지역

서울 강남구, 서초구, 송파구, 용산구 등 기존 조정대상지역은 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하고, 허가를 받은 뒤 매매계약을 체결한 다음 계약일부터 4개월 이내, 늦어도 2026년 9월 9일까지 양도를 완료해야 양도세 중과가 배제됩니다.

신규 조정대상지역

2025년 10월 16일 새로 지정된 조정대상지역 주택은 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하고, 허가 후 매매계약을 체결한 뒤 계약일부터 6개월 이내, 늦어도 2026년 11월 9일까지 양도를 완료해야 중과가 적용되지 않습니다.

정리하면 다음과 같습니다.

구분신청 기한양도 완료 기한

기존 조정대상지역	2026년 5월 9일까지	2026년 9월 9일까지
2025년 10월 16일 신규 조정대상지역	2026년 5월 9일까지	2026년 11월 9일까지

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5. 세입자 있는 주택을 매도할 때 실거주 의무 유예

토지거래허가구역에서는 매수자의 실거주 의무가 문제가 될 수 있습니다. 특히 다주택자가 임차인이 거주 중인 주택을 매도하려는 경우, 매수자가 바로 입주하기 어려운 상황이 생길 수 있습니다.

정부는 이 부분도 함께 보완했습니다. 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우, 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하면 매수자의 실거주 의무와 주택담보대출 실행 시 전입신고 의무가 일정 기간 유예됩니다.

실거주 의무는 2026년 2월 12일 기준 체결된 임대차계약의 최초 계약 종료일까지 유예될 수 있으며, 최대 2028년 2월 12일까지 가능하다고 설명되어 있습니다. 전입신고 의무도 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 중 더 늦은 시점까지 유예됩니다.

다만 이 특례는 제한적입니다. 연합뉴스 보도에 따르면 실거주 의무 유예는 다주택자가 보유한 조정대상지역 내 주택을 무주택자가 매수하는 경우에 한정되며, 매수자는 토지거래허가 신청일 기준 무주택자여야 합니다. 또한 개정안 발표 이후 임대차계약이 갱신된 경우에는 유예가 허용되지 않는다고 설명됩니다.

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6. 다주택자가 꼭 확인해야 할 체크리스트

이번 보완방안은 세 부담을 줄일 수 있는 기회가 될 수 있지만, 기한과 요건을 놓치면 중과 배제를 받기 어렵습니다. 다음 사항을 반드시 확인해야 합니다.

첫째, 보유 주택이 조정대상지역인지 확인해야 합니다.
다주택자 양도세 중과는 조정대상지역 주택과 관련이 깊기 때문에, 해당 주택의 소재지가 규제지역인지 먼저 확인해야 합니다.

둘째, 토지거래허가구역 여부를 확인해야 합니다.
같은 조정대상지역이라도 토지거래허가 절차가 필요한 지역인지 여부에 따라 거래 진행 방식이 달라집니다.

셋째, 2026년 5월 9일까지 허가 신청 접수가 완료되어야 합니다.
단순히 매수자와 구두 합의하거나 계약서를 준비하는 것만으로는 부족합니다. 관할 시·군·구청에 토지거래허가 신청이 접수되어야 합니다.

넷째, 허가 이후 계약과 잔금·등기 일정을 미리 조율해야 합니다.
기존 조정대상지역은 2026년 9월 9일, 신규 조정대상지역은 2026년 11월 9일이라는 최종 기한이 있습니다.

다섯째, 임차인이 있는 주택은 임대차계약일과 종료일을 확인해야 합니다.
실거주 의무 유예 여부는 임대차계약 존재 시점과 매수자의 무주택 여부 등 세부 요건에 따라 달라질 수 있습니다.

여섯째, 세무사 상담은 필수입니다.
양도세는 보유 기간, 취득가액, 필요경비, 장기보유특별공제, 주택 수 산정, 일시적 2주택 여부 등에 따라 결과가 크게 달라집니다. 단순히 “5월 9일까지 신청했다”는 이유만으로 모든 세금 문제가 해결되는 것은 아닙니다.

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7. 마무리

이번 “5월 9일 토지거래허가 신청분까지 다주택자 양도세 중과 배제” 보완방안은 토지거래허가구역 내 거래 지연 문제를 고려한 조치입니다. 핵심은 5월 9일까지 허가 신청을 완료하고, 이후 지역별 정해진 기한 안에 양도 절차를 마무리해야 한다는 것입니다.

다주택자 입장에서는 세 부담 차이가 매우 클 수 있기 때문에, 매도 계획이 있다면 남은 기간 안에 허가 신청 여부, 계약 가능성, 잔금 일정, 등기 가능일, 임차인 여부를 모두 점검해야 합니다.

특히 세입자가 있는 주택을 무주택자에게 매도하는 경우에는 실거주 의무 유예 특례도 함께 검토할 필요가 있습니다. 다만 세법과 부동산 규제는 예외가 많기 때문에 실제 거래 전에는 반드시 세무사, 공인중개사, 관할 지자체에 확인하는 것이 안전합니다.